La vidange d'une Fosse septique doit être effectuée lorsque le volume des boues atteint environ 50% de la capacité totale de la cuve. Il est conseillé de vérifier ce niveau au moins une fois par an.
Pour préserver la flore bactérienne responsable de la digestion des matières organiques, il faut proscrire l'utilisation de produits chimiques agressifs (javel concentrée, acides) dans les canalisations de l'Assainissement autonome maroc.
Le nettoyage régulier du préfiltre de la fosse (souvent rempli de pouzzolane) évite le départ de particules solides vers le champ d'épandage, prévenant ainsi des réparations coûteuses.